DNA BARCODE KERANG KEPAH (Polymesoda Sp.) DI BAGAN PERCUT DAN DANAU SIOMBAK SUMATERA UTARA MENGGUNAKAN GEN CYTOCHROME OXIDASE SUB UNIT 1 (CO1)

Keywords: DNA Barcode, Polymesoda sp, GEN CO1

Abstract

Background: DNA Barcode is a molecular technique using short sequences of nucleotide bases that aims to identify and classify living things. This study aims to obtain nucleotide characters from DNA barcode results from kepah clams using CO1 genes in Sumatran waters, to determine the results of molecular identification of species of kepah clams (Polymesoda sp.) found in North Sumatra waters, and to determine the kinship relationships of kepah clam species (Polymesoda sp.) in North Sumatra waters. Samples were obtained in Bagan Percut and Lake Siombak, carried out from July to August 2023 at the Biomolecular Laboratory, Medan State University.

Methods: The method used is to use DNA barcodes with CO1 genes.

Results: The results of research of species of the genus Polymesoda sp. namely Polymesoda erosa and Polymesoda expansa obtained from processing sequencing data by analyzing nucleotide characters using the Mega 11 application, namely variations in the percentage of AT content (62.69%), GC content (37.56%) for Polymesoda erosa species and AT content (62.42%), GC content (38.64%) for Polymesoda expansa species, which means both species have primitive properties. Molecular identification of the genus Polymesoda sp. obtained from the results of DNA sequence samples along 369 bp so that it is suitable to be used as DNA barcodes. The genetic distance between the species studied is Polymesoda erosa (0.000) and Polymesoda expansa (0.920) which means they have a close genetic distance.

Conclusion: Phylogenetic tree reconstruction carried out using the Neighbour Joining method shows that between the two species Polymesoda erosa (Bagan Percut) and Polymesoda expansa (Lake Siombak) have a close kinship and come from a common ancestor.

Downloads

Download data is not yet available.

References

Amelia, F., dan Ramses, R. 2019. Biokonsentrasi Faktor Logam Berat Pada Kerang Dari Perairan Batam, Kepulauan Riau, Indonesia. Jurnal Kimia dan Pendidikan, 4(2): 152-163.

Anam, K., Cahyadi, W., dan Azmi, I. 2021. Analisis Hasil Elektroforesis DNA dengan Image Processing Menggunakan Metode Gaussian Filter. Journal of Electronics and Instrumentation Systems, 11(1): 37-48.

Budiarto, B. R. 2015. Polymerase Chain Reaction (PCR): Perkembangan dan Perannya dalam Diagnostik Kesehatan. BioTrends, 6(2): 29-38.

Campbell, N. A., Simon, E. J., Dickey, J. L., Hogan, K. A., and Reece, J. B. 2016. Essential Biology, Edisi Keenam. Terjemahan : Damaring Tyas Wulandari. Erlangga. Jakarta.

Chen, S., Yao, H., and Han, J. 2014.Validation of the ITS2 Region as a Novel DNA Barcode for Identifying Medicinal Plant Species. PLoS One, 5(1): 1-8.

Deni, W., dan Nurdiansyah, S. I. 2020. Kepadatan dan Pola Distribusi Polymesoda erosa Di Ekosistem Mangrove Desa Peniti, Kabupaten Mempawah Kalimantan Barat. Jurnal Laut Khatulistiwa, 3(1): 1-9.

Favorgen Protocol. 2023. Tissue Genomic DNA Extraction Mini Kit.FavorPrepTM

Hall, B. G. 2018. Phylogenetic Tree Made Easy : A How to Manual. Oxford University Press. Oxford.

Harahap, M. R. 2018. Elektroforesis: Analisis Elektronika Terhadap Biokimia Genetika. CIRCUIT : Jurnal Ilmiah Pendidikan Teknik Elektro, 2(1): 21-26.

Hariyadi, S., Narulita, E., dan Rais, A. 2018. Perbandingan Metode Lisis Jaringan Hewan dalam Proses Isolasi DNA Genom Pada Organ Liver Tikus Putih (Rattus norvegicus). Jurnal Biology Education, 15(1): 689-692.

Jabarsyah, A., dan Arizono, T. 2016. Identifikasi Kerang Kapah Di Pantai Timur Pulau Tarakan. Jurnal Omni Akuatika, 12(2): 92–98.

Jarulis, Muslim, C., Kamilah, S. N., Utama, A. F., Permana, D., Sari, M. M., Prayitno, A. H., dan Jannah, I. M. 2021. DNA barcode of Enggano hill myna, Gracula religiosa enganensis (Aves: Sturnidae) based on mitochondrial DNA cytochrome oxidase subunit I. Biodiversitas, 22(3): 1635-1643.

Kadarsah, A., dan Susilawati, I. O. 2019. Karakter Morfometri Kerang KepahPolymesoda erosa dari Dua Jenis Vegetasi Mangrove (Avicennia marina danRhizopora apiculata). Jurnal Lingkungan Lahan Basah, 4(1): 168-173.

Kombong, C. B. S., dan Arisuryanti, T. 2018. Komposisi Nukleotida Sekuen Gen Mitokondria 16S dan CO1 Ikan Gabus (ChannaStriata Bloch) Dari Danau Sentani, Jaya Pura, Papua. Jurnal Perikanan Universitas Gadjah Mada, 20(2): 57-62.

Kumar, S., Stecher, G., Li, M., Knyaz, C. dan Tamura, K.. 2018.MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across Computing Platforms. Molecular Biology and Evolution, 35(6): 1547–1549.

Liu, Z., Zeng, X., Yang, D., Chu, G., Yuan, Z., and Chen, S. 2013. Applying DNA Barcodes for Identification of Plant Species in the Family Araliaceae. Gene, 499: 76-80.

Melinda, M., Sari, S. P., dan Rosalina, D. 2015. Kebiasaan Makan Kerang Kepah (Polymesoda erosa) di Kawasan Mangrove Pantai Pasir Padi. Jurnal OSEATEK, 9(1): 35-44.

Nayli, Z. 2018. Keanekaragaman Bilvalvia Pada Kawasan Ekosistem Mangrove Kecamatan Kuta Raja Kota Banda Aceh. Banda Aceh.

Puspitaningrum, R., dan Chris, A. 2018. Genetika Molekuler dan Aplikasinya. AdobeIllustrator Cs4. Jakarta.

Rahayu, D. A., dan Miftahul, J. 2019. DNA Barcode Hewan dan Tumbuhan Indonesia. Yayasan Inspirasi Ide Berdaya. Jakarta.

Raw, C. H., Yudistira, A., dan Simbala, H. E. I. 2018. Isolasi, Identifikasi Secara Molekuler Menggunakan Gen 16s rRNA, dan Uji Aktivitas Antibakteri Bakteri Simbion Endofit yang Diisolasi dari Alga Halimeda opuntia. PHARMACON : Jurnal Ilmiah Farmasi, 7(2): 53-61.

Ristiana, R., Rustam, A., Zein, M. S. A., dan Zulkarnain. 2021. DNA Barcoding Pada Familia Bovidae Berdasarkan Gen CO1 (Cytochrome Oxydase Subunit 1). FILOGENI: Jurnal Mahasiswa Biologi, 1(2): 63-68.

Rohimah, S., Mukarramah, L., dan Sindiya, V. 2018. Eksplorasi Jenis dan Potensi DNA Barcode Anggrek Thrixspermum Secara In Silico. Jurnal Biodjati, 3 (2): 148- 156.

Sagala, L. R. 2021. Penentuan Barcode DNA Berdasarkan Lokus Gen rbcL PadaZingiber loerzingii Valeton. Sumatera Utara.

Saleky, D., dan Merly Sendy. 2021. Pendekatan DNA Barcoding untuk Identifikasi Cassidula angulifera (Petit, 1841) (Moluska: Gastropoda). Jurnal Sumberdaya Akuatik Indopasifik, 5(1): 55-64.

Sasmito, D., E., K., Kurniawan, R., dan Muhimmah., I. 2014. Karakteristik Primer pada Polymerase Chain Reaction (PCR) untuk Sekuensing DNA: Mini Review. Jurnal Informatika Medis, 6(5): 93-102.

Simbolon, A. R., dan Aji, L. P. 2021. Identifikasi Molekulardan Struktur Filogenetik Moluska (Gastropoda dan Bivalvia) Di Perairan Biak, Papua. Jurnal Bawal, 13(1): 11-21.

Syahputri, N. K. 2022. Kepadatan dan Pola Persebaran Kerang Totok (Geloina expansa) Di Ekosistem Mangrove Kecamatan Malangke Barat, Kabupaten Luwu Utara. Makassar.

Syamsul, M., dan Zein,A. 2016. Teknik Molekuler untuk Identifikasi Spesies OrdoCetartiodactyla Menggunakan DNA Barcode Molecular Techniques for SpeciesIdentification of Cetartiodactyla Order Using DNA Barcode.

Taihuttu, M. P. J., Corebima, A. D., dan Ghofur, A. 2019. Analisis Filogenetik Kerang Abalon (Haliotis sp.) Di PerairanMaluku Berdasarkan Sekuen Gen COI. Jurnal Ilmu Hayat, 3(2): 72-79.

Tasma, I. M. 2015. Pemanfaatan Teknologi Sekuensing Genom untuk Mempercepat Program Pemuliaan Tanaman. Jurnal Litbang Pertanian, 34(4): 159-168.

Tindi, M., Mamangkey, N. G. F., dan Stenly, W. 2017. DNA Barcode dan Analisis Filogenetik Molekuler Beberapa Jenis Bivalvia Asal Perairan Sulawesi Utara Berdasarkan Gen CO1. Jurnal Pesisir dan Laut Tropis, 1(2): 32-38.

Triandiza, T., dan Hawis, M. 2018. Aplikasi Analisa Morfologi dan DNA Barcoding Pada Penentuan Jenis Kepiting Porcelain (Pisidia sp.) yangBerasal dari Pulau Tunda, Banten. Jurnal Sumberdaya Akuatik Indopasifik, 2(2): 81-90.

Wang, D-Y., Wang, Q., Wang, Y-L., Xiang, X-G., Huang, L-Q., dan Jin, X-H. 2017. Evaluation of DNA Barcodes in Codonopsis (Campanulaceae) and in some Large Angiosperm Plant Genera. PLoS ONE, 12(2):1-14.

Wirdateti., Wulandari, S. W., dan Kuswandi, P. C. 2015. Penanda Genetik Tarsius (Tarsius spp.) dengan Menggunakan Gen CytochromeOxidase I (COI) DNA Mitokondria (mtDNA) Melalui Metode Sekuensing. Jurnal Biologi Indonesia, 11(2): 275-284.

Wulandari, R., Nasution, S., dan Tanjung, A. 2022. Habitat dan Distribusi Kerang Kepah (Polymesoda erosa) Di Kawasan Mangrove Muara Sungai Tiram Kabupaten Padang Parlaman Sumatera Barat. Jurnal Ilmu Perairan, 10(1): 1-8.

Xiong, J. 2016. Essential Bioinformatics. Cambridge University Press. New York.

Yusuf, Z. K. 2018. Polymerase Chain Reaction (PCR). Jurnal Saintek, 5(6): 1-6.

Zein, M. S. A., dan Dewi, M. P. 2013. DNA Barcode Fauna Indonesia. Kencana. Jakarta.

Published
2025-01-31
How to Cite
Utami, M. A., Idami, Z., & Manalu, K. (2025). DNA BARCODE KERANG KEPAH (Polymesoda Sp.) DI BAGAN PERCUT DAN DANAU SIOMBAK SUMATERA UTARA MENGGUNAKAN GEN CYTOCHROME OXIDASE SUB UNIT 1 (CO1). BIOPENDIX: Jurnal Biologi, Pendidikan Dan Terapan, 11(2), 194-202. https://doi.org/10.30598/biopendixvol11issue2page194-202