ANALISIS FILOGENETIK SUBUNIT ALFA DNA POLIMERASE III DAN ERROR-PRONE DNA POLIMERASE DARI GENUS RHODOBACTER

  • Edwin Thomas Apituley Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Pattimura, Ambon
  • Amos Killay Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Pattimura, Ambon
DOI: https://doi.org/10.30598/biofaal.v3i1pp19-27
Keywords: DNA polimerase, Error –prone DNA polymerase, filogeni, Rhodobacter

Abstract

Sekuens nukleotida dari gen dnaE yang mengkodekan subunit alfa dari DNA polimerase III maupun sekuen asam amino produknya dari genus Rhodobacter dan beberapa genus yang berhubungan dianalisis untuk menentukan hubungan evolusioner mereka. Metode Maximum Likelihood dan model Kimura 2 parameter masing-masing untuk mengkonstruksi pohon filogenetik dan mengukur jarak genetik. Pohon filogenetik berdasarkan sekuen nukleotida dari gen yang mengkodekan subunit alfa dari DNA polimerase III dibandingkan terhadap pohon filogenetik berdasarkan sekuen gen 16S rRNA, Genus Rhodobacter maupun genus lain yang diuji memiliki 2 jenis dnaE, diberi nama dnaE1 dan dnaE2. Perbandingan pasangan sekuen menunjukkan bahwa persentase keidentikan sekuen antara kedua jenis gen dibawah 50 persen untuk sekuens nukleotida dan 25 persen untuk sekuen asam amino. Satu anggota genus Rhodobacter, R.sediminicola JA983 memiliki tiga salinan gen dnaE dengan rentang keidentikan 40 persen hingga 54 persen untuk sekuen nukleotida dan 22.6 hingga 50.6 persen untuk sekuen asam amino. Pohon filogenetik berdasarkan sekuen nukleotida dnaE memiliki dua percabangan utama, masing-masing mewakili dnaE1 dan dnaE2. Topologi dari pohon filogenetik berdasarkan gen dnaE memiliki kemiripan terhadap pohon filogenetik berdasarkan sekuen gen 16S rRNA, terutama untuk percabangan dnaE1. R.sediminicola memiliki satu salinan gen pada percabangan dnaE1 dan dua salinan gen pada percabangan dnaE2, pada pohon filogenetik berdasarkan sekeun gen dnaE, dan dianotasi sebagai dnaE2.1 dan dnaE2.2.

Downloads

Download data is not yet available.
Published
2022-06-01
How to Cite
Apituley, E., & Killay, A. (2022). ANALISIS FILOGENETIK SUBUNIT ALFA DNA POLIMERASE III DAN ERROR-PRONE DNA POLIMERASE DARI GENUS RHODOBACTER. Biofaal Journal, 3(1), 19-27. https://doi.org/10.30598/biofaal.v3i1pp19-27
Issue
Vol 3 No 1 (2022): Biofaal Journal
Section
Articles

Copyright (c) 2022 Edwin Thomas Apituley, Amos Killay

Creative Commons License

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.

1. Author retain copyright and grant the journal right of first publication with the work simultaneously licensed under a creative commons attribution license that allow others to share the work within an acknowledgement of the work’s authorship and initial publication of this journal.

2. Authors are able to enter into separate, additional contractual arrangementfor the non-exclusive distribution of the journal’s published version of the work (e.g. acknowledgement of its initial publication in this journal).

3. Authors are permitted and encouraged to post their work online(e.g. in institutional repositories or on their websites) prior to and during the submission process, as it can lead to productive exchanges, as well as earlier and greater citation of published works.